По легенде, эту цитадель построил Афросиаб — мифический герой эпоса «Шахнаме» — чтобы защититься от своего противника Рустама. Правда это или вымысел, но крепость действительно стоит на этом холме уже невероятно долго. Считается, что она была возведена около 2500 лет назад, когда мимо Гиссара проходили караваны Великого шёлкового пути.
Долгое время крепость служила резиденцией гиссарского бека, наместника бухарского эмира, и была важным административным и политическим центром древнего Таджикистана. Главные ворота с двумя цилиндрическими сторожевыми башнями построили по указанию бухарского эмира в XVI веке, и они до сих пор остаются самой узнаваемой частью комплекса.
У крепости растут две огромные чинары возрастом 500–700 лет, а сама территория сегодня входит в Гиссарский историко-культурный заповедник, объединяющий крепость, медресе, мечети и караван-сарай. Крепость находится всего в 18 километрах от Душанбе, что делает её удобной однодневной поездкой из столицы.
