La ciudadela del Ark es una ciudad dentro de la ciudad. En la antigüedad, unas tres mil personas vivían y trabajaban dentro de sus muros: el gobernante y su familia, funcionarios, artesanos, sirvientes. Aquí se guardaba el tesoro, trabajaban los artesanos, se ubicaba un arsenal — y todo ello se alzaba sobre Bujará a una altura de entre 16 y 20 metros, como una inexpugnable isla de piedra.
Según los hallazgos arqueológicos, la ciudadela data de los siglos IV-III a.C., lo que la convierte en una de las construcciones más antiguas de toda Asia Central. Las referencias al Ark aparecen en la "Historia de Bujará" de Narshají, de los siglos IX-X. A lo largo de su larga existencia, la fortaleza vio pasar mucho: en 1220, Gengis Kan conquistó Bujará y logró atravesar incluso las murallas del Ark.
Una hermosa leyenda rodea a la fortaleza: según la tradición, fue construida por el héroe mítico Siyavush, quien cortó la piel de un toro en finas tiras y las dispuso a lo largo de los límites del futuro emplazamiento de la construcción — cumpliendo así la astuta condición impuesta por un rey para conquistar el corazón de su hija. Hoy, dentro de los muros del Ark se encuentra un museo-reserva estatal con decenas de miles de objetos expuestos.
